上海应用技术大学香料香精技术与工程学院生物工程专业前身是上海轻工业高等专科学校的发酵专业，始建于上世纪六十年代，在我国轻工业同类高等院校中设立较早，具有较长的办学历史和专业优势。2000年上海轻工业专科高等专科学校、上海化工高等专科学校、上海冶金专科高等专科学校合并成立上海应用技术学院，发酵专业与原上海化工高等专科学校的生物化工专业合并组建成立了新的生物技术专业（专科），隶属于上海应用技术学院生物与食品工程系。

        2003年2月上海应用技术学院生物与食品工程系经过调研和论证，开始筹建生物工程本科专业，2004年2月向上海市教委申报建立生物工程本科专业，经国家教育部批准2004年9月开始招收全日制四年制本科生，已连续招收17届本科学生，为上海及长三角地区培养了大量合格的应用型生物工程人才。目前生物专业在校学生282名。生物工程专业按照教育部生物类专业教指委的专业规范办学，课程设置全面合理并独具特色，是学校生物与医药专业学位硕士点的重要组成部分，先后承担了几十项国家级、省部级科研项目和企业横向课题，师资力量雄厚。设置有基因工程、微生物与遗传育种、生物化学与细胞工程、生物工艺学、生物分离与设备等多个专业实验室，同时共享香化学部具有国际先进水平的实验教学和研究平台，为本科生实践教学以及教师科研提供了强有力的支撑。专业与药明康德、睿智化学、冠生园、三得利等多个知名企业共建实验实习基地，积极深入开展校企合作，培养的人才深受企业欢迎。